শেয়ার্ড হেলথ রেকর্ড কার্যক্রমের অন্যতম একটি উপাদান হল হাসপাতাল অটোমেশন সিস্টেম যা স্বাস্থ্য ও পরিবার কল্যাণ মন্ত্রণালয়ের স্বাস্থ্য অধিদপ্তরের এইচআইএস ও ই-হেলথ অপারেশনাল প্ল্যানের আওতায় ম্যানেজমেন্ট ইনফরমেশন সিস্টেম (এমআইএস) কর্তৃক বাস্তবায়ন হচ্ছে। হাসপাতালের সকল কার্যক্রমে তথ্য-প্রযুক্তি বা ডিজিটাল পদ্ধতির ব্যবহার করা এবং এদের মধ্যবর্তী সমন্বয় সাধনের মাধ্যমে স্বল্প খরচে উপযুক্ত সময়ে সঠিক গুনগত সেবা নিশ্চিত করা কে হাসপাতাল অটোমেশন সিস্টেম বলা যেতে পারে। বাংলাদেশে এই কার্যক্রমের যাত্রা শুরু হয় ২০১১-১২ অর্থ বছরে জাতীয় কিডনী রোগ ও ইউরোলজি ইনস্টিটিউট, সরকারী কর্মচারী হাসপাতাল ও মোহাম্মদপুর ফার্টিলিটি সেন্টার অটোমেশন করার মধ্য দিয়ে। পরবর্তীতে ২০১২-১৩ অর্থ বৎসরে জাতীয় হৃদরোগ ইনস্টিটিউট (এনআইসি ভিডি), জাতীয় অর্থোপেডিক হাসপাতাল ও পুনর্বাসন প্রতিষ্ঠান (নিটোর) ও বাংলাদেশ সচিবালয় ক্লিনিক কে এই অটোমেশন কর্মসূচীর আওতায় আনা হয়। বর্তমানে দেশে ৬৭ টি হাসপাতাল এই কার্যক্রমের আওতাধীন রয়েছে। আরো ৫০টি হাসপাতালে এই অটমেশন কার্যক্রম স্থাপনের কার্যক্রম চলমান রয়েছে।দেশের সকল স্বাস্থ্য প্রতিষ্ঠান সমূহে ধীরে ধীরে এই কার্যক্রম সম্প্রসারন করা হবে। ওপেন মেডিকেল রেকর্ড সিস্টেম বা ওপেন-এমআরএস (openMRS), ওপেন এলিস (open ELIS) এবং অডু (Odoo) এই তিনটি সফটওয়ার কে কেন্দ্রীয় মানব সম্পদ ব্যবস্থাপনা এর সাথে যুক্ত করে হাসপাতাল অটোমেশন সিস্টেমটি প্রস্তত করা হয়েছে যা স্বাস্থ্য তথ্য আদান প্রদানে সক্ষম ও শেয়ার্ড হেলথ রেকর্ড ব্যবস্থার সাথে যুক্ত। এখানে আন্তর্জাতিক মানদন্ড সমুহ কে অনুসরণ করা হয়েছে যার মধ্যে ফায়ার, আইসিডি, স্নোমেড সিটি, লয়েনসি, আইচি, ডাইকম অন্যতম।